目前學校理工醫科有數學科學學院、物理學系、化學系、高分子科學系、環境科學與工程系、信息科學與工程學院、計算機科學技術學院、軟件學院、微電子學院、材料科學系、航空航天系、生命科學學院、大數據學院、大氣與海洋科學系/大氣科學研究院、類腦智能科學與技術研究院、基礎醫學院、藥學院、公共衛生學院、護理學院、放射醫學研究所、現代物理研究所/核科學與技術系、神經生物研究所、發育生物研究所、先進材料實驗室、生物醫學研究院、腦科學研究院、人類表型組研究院等27個院系（所）。
學校現有國家平臺基地9個，包括國家重點實驗室5個，國家臨床醫學研究中心2個，國家制造業創新中心1個，以及上海數學中心。現有各類省部級平臺基地80個，包括科技部新農村研究院1個，教育部前沿科學中心1個，教育部重點實驗室13個，教育部工程技術研究中心7個，教育部國際合作聯合實驗室1個，科技部國家國際科技合作基地5個，國家外專局學科創新引智基地8個，衛健委重點實驗室9個，總后衛生部重點實驗室1個，國家林業局野外臺站1個，上海市重點實驗室15個，上海市工程中心11個，省部共建協同創新中心1個，上海市協同創新中心2個，上海市研發公共服務平臺專業技術服務平臺4個。
近年來，學校科技工作始終堅持圍繞服務國家戰略和社會需求，承接國家和上海市重大科研項目，科研項目和經費規模穩步增長，科研能力逐步提升。從2016年到2018年，理科科技到款經費總計68.85億元，獲批牽頭承擔國家重點研發計劃66項，承擔國家自然科學基金2013項，新建校企聯合實驗室7家，獲得國家獎項目獎3項、中華人民共和國國際科學技術合作獎1項、省部級一等獎18項、省部級人才獎3項，獲得專利授權1049項。
新形勢下，學校利用學科優勢，提升社會服務能力，與地方政府共建張江研究院、無錫研究院和寧波研究院，與26個省市及地方政府簽署科技合作協議；同時，通過創新轉化機制，走出了一條具有復旦特色的成果轉化之路，2016年學校簽訂的專利許可/轉讓合同金額超過5億元。
復旦大學科學技術研究院負責統籌管理學校理工醫科科研。
